藻类植物是一样比较原始、古老的低等植物。藻类植物体的构造简单，没有根、茎、叶的分化，多为单细胞、群体或多细胞的叶状体。如小球藻是单细胞，团藻属于群体，海带呈叶状体。藻类含叶绿素等光合色素，能进行光合作用，属自养植物。藻类的种类非常多，不过却具有若干共同的特性，例如藉著光合作用利二氧化碳来生产有机物，故属於自养性 ( Autotrophic ) 生物；生长密度自水面向下递减，主要光线越来越弱之故；大量繁殖会耗掉水中二氧化碳，使 pH 值上升，但在黑暗中会耗掉水中溶氧，放出二氧化碳使 pH 值下降；以及会吸收水中的营养元素，如氮 ( 常以 NO3-形式吸收 )、磷 ( 常以磷酸盐形式吸收 )、硫 ( 常以 SO42- 之形式吸收 )，和一些微量元素如钠、钾、钙、镁、铁、铜、钼等。藻类的组织分化甚少，不具真正的根、茎、叶。因种类的不同，藻类的色泽及形体差异很大，不过在一般养殖池中主要以呈绿色的藻类居多。又依藻类的生长方式不一，有些微小的藻类漂浮在水中称浮游藻，有些附著在其他生物或无生物体上生活称固著藻。浮游藻通常多属於单细胞，而肉眼无法明视；固著藻虽有不同生长形态，但以丝状藻占绝大部份，且多为多细胞藻类。浮游性单细胞藻类具有利用太阳能效率高、生长繁殖迅速、对环境的适应性强和容易在一般养殖池中大量滋生等重要特性，因而较受到重视。相较之下，固著性多细胞丝状藻类因繁殖较慢，通常仅著生於池岸或浅水域之底床，对水质之影响较小。
近年来国内养殖事业为了提高单位面积产量，以期获得最大的经济效益，往往采用高密度集约饲养，并大量使用人工饵料，结果养殖环境容易受到破坏。其中最为人诟病的是池水中藻类过度生长所衍生的水质恶化问题，若不加以控制及改善，一旦发生这个问题，将对养殖生物造成危害。
事实上，在鱼类养殖方面，养殖池中有适当而足够的藻类是必须的，理由是藻类不仅能吸收水中的无机盐类，提供良好的水质环境，亦可做为天然饵食给鱼类食用。故在水产养殖中，藻类既参与了对水质的净化，藻体本身又可为鱼虾的饵料，从而构成了水环境中物质循环和食物链的重要环节，其重要性不容视。但是，极可能因投入过多饲料等人为污染或其他原因，使得藻类繁生过多，严重时甚至产生藻华( Algae bloom ) 的现象。所谓藻华是指池水因藻类过度繁殖而呈现藻色的景观，它主要是由一些单细胞藻类大量增殖所引起的。例如，一些单细胞绿藻一旦形成藻华，则水色将明显转变为绿色，这种现象也称「水绿」。藻华对养殖环境所造成的不良影响主要有二：(1)由于藻类增殖量太多，在夜间会消耗大量的氧气，造成池水溶氧不足，导致养殖生物缺氧甚至死亡。(2)藻体死亡被微生物分解，造成水质恶化直接对养殖生物的生存构成严重的威胁。这些不良的影响，一般称为「藻害」。 藻华的形成与水中累积太多的硝酸盐及磷酸盐有密切的关系，这些营养盐主要来自於食物的残饵及鱼虾排池物受水中微生物分解而产生。但如何防止藻害的形成，将是一个十分具挑战性的技术性问题。藻害一旦形成，不仅是新手当会感到束手无策，就是老手也会大伤脑筋。因此在兼顾其他水中生物的安全考量之下，衍生了许多除藻的方法，一般可将它们归类为：(1)机械控制法
机械控制法又称物理控制法，它是一种最安全的方法。这个方法基本是徒手或使用工具、设备等将水中的藻类除掉。对丝状藻而言，使用本法具有某种程度的时效，可以将大部份的丝状藻从水中移走。但对单细胞藻类则效果极为有限，即使运用机械过滤方式来处理，不仅既费电力，且过滤微细藻类的效率也不佳。机械控制法特别有利於著生在岸边的丝状藻之移除，但对於水底丝状藻的移除，则较为困难，因为它们不容易被发现。使用过滤设备要滤除微细藻类时，因受到处理效率的限制，也只能应用於小池子，故本法并不能真正解决藻害问题。此外，在水产养殖之经营上，本法与另外两法相较，甚费劳力或电力。因此为减低养殖的费用，利用化学控制法乃成为最经济且方便的方法。
(2)化学控制法
化学控制法是一种最有效但却是最不安全的方法。这个方法基本上是使用化学药品或称为除藻剂将水中藻类除掉的方法。绝大部分的水体除藻均用此法来控制过度生长的藻类，虽然它的安全性堪虑，但因比机械控制法较为经济得多，故仍然受到业者欢迎。本法之使用，应由有能力与有技术的人员来担任比较安全，因为化学藻药品处理的成败，要看除藻剂的品质与种类、所要控制藻类的种类、鱼的安全性、施用的时间与技术，以及使用时的专业程度而定。除藻剂的种类不少，最好选择一些已经被证明可用於控制藻害，以及正确使用对鱼虾也很安全的产品使用，不宜任意使用及滥用。如果自己不了解这方面的问题，最好先请教有经验的公司或专家。除藻剂使用剂量也会直接影响其成效。剂量使用不足，除藻的效果不理想，使用过量也可能对鱼虾造成伤害。因此，在使用除藻剂时，必须控制其浓度正好能达到灭藻又不伤害鱼类的最佳范围内。从毒物生物累积层面的考量，除藻剂使用频率要越少越好，因为一般除藻剂对鱼或多或少有直接的毒害，长期使用除藻剂对鱼虾的健康仍有不良影响，同时更有一些除藻剂是否会累积於鱼体中还不太清楚，如果过度滥用，亦可能间接对人体造成伤害。在药物的施用上必须小心谨慎，不仅要考虑其藻效，同时要兼顾其安全性。
(3)生物控制法
生物控制法是一种最自然但也最不容易采用的方法。这个方法基本上是利用生物竞争生存资源的原理来间接抑制藻类过度生长，或利用食物链的原理来直接消耗藻类的方法。在国内使用这个方法来控制藻害的案例并不多见。藻害的形成通常与水质恶化有密切关系，其中又以硝酸盐及磷酸盐的含量太多为最常见。通过引入或繁殖其他伤害性较少或较有用的水生植物於池中，藉以藻类竞争硝酸盐及磷酸盐，应该可以有效降低两营养盐的浓度，使藻类繁衍速度受到适当的控制。另外，若能混养一些藻食性的鱼贝类，直接以藻类为食，以控制藻类浓度而达到改善养殖环境的目的，也是另一种可选择的方法。例如，有一些滤食性的贝类可以直接摄取单细胞藻类，又如也有一些藻食性鱼类对丝状藻特别偏食。如果能在池中放养一些藻食性生物，应有助於藻类之控制。
